Электрофорез системасы эки негизги бөлүктөн турат: Power Supply жана Electrophoresis Chamber.The электр энергиясы менен камсыздоо. Бул учурда "күч" бул электр энергиясы. Электр кубаты менен камсыздоодон келген электр энергиясы электрофорез камерасынын бир учунан экинчи четине бир багытта агат. Камеранын катоду жана аноду карама-каршы заряддуу бөлүкчөлөрдү өзүнө тартат.
Электрофорез камерасынын ичинде лоток - тагыраак айтканда, куюлуучу лоток бар. Куюу лоток төмөнкү бөлүктөрдөн турат: куюлуучу лотоктун түбүнө кирген айнек табак. Гель куюлуучу лотокто кармалат. "Тарак" өзүнүн атына окшош. Тарак куюу лотоктун капталындагы оюктарга жайгаштырылат. Ал ысык, эриген гель куюлганга чейин уячаларга салынат. Гель катуулангандан кийин тарак чыгарылат. Тарактын «тиштери» гелде биз «кудук» деп атаган майда тешиктерди калтырат. Кудуктар ысык, эриген гель тарактын тиштеринин айланасында катып калганда жасалат. Гель муздагандан кийин тарак сууруп чыгып, кудуктарды калтырат. Скважиналар сиз сынагыңыз келген бөлүкчөлөрдү коюуга орун берет. Адам бөлүкчөлөрдү жүктөөдө гелди бузуп албоо үчүн абдан этият болушу керек. Гельди жарып кетүү же сындыруу натыйжаларыңызга таасирин тийгизиши мүмкүн.