Гель электрофорези горизонталдуу же вертикалдуу багытта жүргүзүлүшү мүмкүн. Горизонталдык гелдер адатта агароздук матрицадан турат. Бул гелдердин тешикчелеринин өлчөмдөрү химиялык компоненттердин концентрациясына жараша болот: агароз гелинин тешикчелери (диаметри 100дөн 500 нмге чейин) акриламиддик гелпордорго (диаметри 10дон 200 нмге чейин) салыштырмалуу чоңураак жана азыраак бирдей. Салыштырмалуу, ДНК жана РНК молекулалары протеиндин сызыктуу тилкесинен чоңураак, алар көбүнчө процесске чейин же ушул процесстин жүрүшүндө денатурацияланышат, бул аларды анализдөөнү жеңилдетет. Ошентип, ДНК жана РНК молекулалары көбүнчө агароз гелдеринде (горизонталдуу) иштетилет. Биздин DYCP-31DN системасы горизонталдык электрофорез системасы болуп саналат. Бул калыптанган гель куюу аппараты ар кандай гель лотоктору менен 4 түрдүү өлчөмдөгү гелдерди жасай алат.
